16 участников начнут выступление с группового этапа, который пройдет в четырех группах. В нем сыграют представители Высшей лиги, молодежные команды клубов Единой лиги ВТБ и три любительские команды. Матчи состоятся 14-16 сентября. В группе А сыграют «Ставбаскет» (Ставрополь), «Динамо-МГТУ» (Майкоп), «СШОР-Локомотив-Кубань» (Краснодар) и БК «Доугс-Титаны» (Волгоград), в группе Б — «Химки»-2 (Московская область), «Тверь» (Тверская область), «Зенит»-М (Санкт-Петербург), БК «Дружба» (Москва), в группе В — «ПАРМА»-М (Пермский край), УНИКС-2 (Казань), «Автодор»-2 (Саратов) и БК «Московский» (Москва), в группе Г — «ТСК-Урал» (Екатеринбург), «Нефтехимик» (Тобольск), «Уралмаш»-2 (Екатеринбург) и «Енисей»-2 (Красноярский край).

В «Финале четырех» пятого розыгрыша Кубка С.Н. Тараканова сыграют только победители групп. Матчи пройдут 26-27 сентября. Победитель Кубка С.Н. Тараканова выходит в 1/16 финала мужского Кубка России-2026/27. Начиная с этой стадии, серии будут проходить по схеме «1+1».

В 1/16 финала (8 и 29 октября) встречаются: ЦСКА-2 (Москва) – «Русичи» (Курск), «Купол-Родники» (Ижевск) – «Тамбов» (Тамбовская область), «Металлург» (Магнитогорск) – «Десна» (Брянская область), «Динамо» (Уфа) – «Барнаул» (Алтайский край), «Югра» (Сургут) – 1-е место Кубка С.Н. Тараканова.

В 1/8 финала (19 ноября и 10 декабря) в борьбу вступают клубы Суперлиги: «Динамо» (Грозный), «Химки» (Московская область), «Новосибирск» (Новосибирск), ЧБК (Челябинская область) и «Темп-СУМЗ» (Ревда). А в четвертьфинале (7 и 28 января) к участникам присоединятся три представителя Единой лиги ВТБ — МБА-МАИ (Москва), «Динамо» (Владивосток) и «Самара» (Самарская область).

«Финал четырех» мужского Кубка России-2026/27 предварительно пройдет 12-14 марта 2027 года. Место его проведения будет определено после завершения игр 1/4 финала.